В мае 2015 года Фонд Немцова выпустил незаконченный доклад Немцова «Путин. Война». Это глубокое и всестороннее исследование причин и последствий захвата Крыма и вооруженного конфликта на востоке Украины для России и Европы.

Украине уделяется довольно значительное внимание в деятельности Фонда. В Киеве действует Дом свободной России. На сайте организации его называют «альтернативным посольством российского гражданского общества в Украине». 

Официальная позиция / функции по отношению к конфликту Форум Свободной...

Сотрудники МХГ участвовали в мониторинговых миссиях в зоне вооруженного конфликта в 2014-2015 годах. МХГ выпускает ежегодные доклады «Права человека в Российской Федерации за 2014 год», где публиковались данные и о нарушениях прав человека в ходе конфликта, и описывались случаи нападения на журналистов, пытавшихся освещать гибель российских военнослужащих на Донбассе. 

МПД осуждала политику российского правительства по отношению к Украине, критически отзывалась о действиях российских и сепаратистских формирований на Донбассе. Основатель и руководитель МПД Андрей Юров, будучи членом Совета по правам человека при президенте РФ (2015-2018), постоянно поднимал вопрос о правах человека в зонах конфликта, а также выступал на заседаниях международных организаций.

С 2014 года Союз начал работать с конфликтом в Украине. Были проведены социологические опросы жителей России и Украины, проживающих близ границы. Эти опросы показали, что по обе стороны границы есть люди, готовые к диалогу.